A história de Phantasy Star se passa no século 342, no sistema galático Algol. Esse sistema é formado por três planetas: Palma, Motávia e Dezóri.
A moeda corrente do Sistema Algol é a meseta.
Há anos, o Sistema Algol vem sofrendo com despotismo do rei Lassic, que deixou-se dominar pela magia negra em troca da imortalidade. Nero, o destemido guerreiro a serviço do povo, foi morto pelos robocops do tirano Lassic, quando tentava desvendar seus segredos. Porém, antes de morrer, entregou sua espada à sua irmã Alis, pedindo a ela que encontrasse um gerreiro chamado Odin, para ajudá-la a vencer Lassic. Ela jurou destruir o império do mal e vingar sua morte. Além de Odin, Alis contará com a companhia de mais dois amigos: Myau, uma gata guerreira que fala e Noah, um mago.
Tudo começa na cidade de Camineet, em Palma.
Abaixo, segue o diálogo da abertura do jogo:

Não especule em torno do romance de Lassic! Aprenda essa lição!

_ Nero, o que aconteceu? Não morra!
_Alis, escute! Lassic está conduzindo nosso mundo à destruição! Tentei descobrir seus planos mas não pude fazer nada sozinho. Ouvi sobre um homem com grande poder, chamado Odin. Talvez, vocês dois juntos possam pará-lo! Alis, é muito tarde para mim. Seja forte!
_Tenho certeza que meu irmão não morreu em vão. Proteja-me, Nero.